Wednesday, February 20, 2013

Mostrar valores en barplots usando R

Para poder mostrar los valores que se grafican en un barplot horizontal a la derecha de las barras utilizamos text. Para una tabla de 38 filas y 2 columnas, desplegamos en un barplot la columna dos utilizando 38 colores

Categorías    Valores
cate_1            36
cate_2            36
......
cate_n              1

>barplot(misdatos$val, horiz=T, col=rainbow(38), xlim=c(0,40), main="Barplot con valores que graficados", xlab="Frequency",ylab="Categorias" );




Ahora desplegamos a la derecha de las barras los valores

>text(misdatos$val,bp,misdatos$val,pos=4)




Sunday, February 10, 2013

Instalar Java SE 7 SDK en Debian Wheezy amd64

Para poder correr la última versión de Java (Java 7) baje la última versión de Java SE de la siguiente liga:

http://www.oracle.com/technetwork/java/javase/downloads/index.html


Después lleve el archivo que se descargo al /opt/ y ahí desempaquete


#mv ~/Downloads/jdk-7u...tar.gz /opt/

#cd /opt/

#tar -xzvf jdk-7u...tar.gz

Debian puede manejar diferentes versiones de software en el mismo sistema. EL siguiente paso registra la versión descargada de Java como una alternativa, y realiza  el cambio para ser usada como la default:

#update-alternatives --install /usr/bin/java java /opt/jdk1.7.0_03/bin/java 1
#update-alternatives --install /usr/bin/javac javac /opt/jdk1.7.0_03/bin/javac 1
#update-alternatives --install /usr/lib/mozilla/plugins/libjavaplugin.so mozilla-javaplugin.so /opt/jdk1.7.0_03/jre/lib/amd64/libnpjp2.so 1
#update-alternatives --set java /opt/jdk1.7.0_03/bin/java
#update-alternatives --set javac /opt/jdk1.7.0_03/bin/javac
#update-alternatives --set mozilla-javaplugin.so /opt/jdk1.7.0_03/jre/lib/amd64/libnpjp2.so

Para probar la instalción:

#java -version
java version "1.7.0_13"
Java(TM) SE Runtime Environment (build 1.7.0_13-b20)
Java HotSpot(TM) 64-Bit Server VM (build 23.7-b01, mixed mode)

Para verificar si el plugin del browser (en mi caso Iceweasel) funciona vamos a la pagina http://www.java.com/ y hacemos click en "Do I have Java?". 


Tuesday, February 5, 2013

Moverse entre ventanas de la misma aplicación: Gnome Shell

Uno de los atajos de teclado que extrañaba en Gnome Shell era el poder moverte entre ventanas de la misma aplicación. Con la configuración default de Gnome Shell las teclas Alt + Tab te permiten moverte entre ventanas de diferentes aplicaciones como una terminal y un browser. El problema es cuando quieres moverte entre ventanas de la misma aplicación.

Para poder configurar tu teclado y poder moverte entre ventanas de la misma aplicación con las teclas Alt  + Tab necesitas ir "System settings" y en la ventana que se abre elegir "Keyboard". Una vez dentro de "Keyboard" vamos a la pestaña "Shortcuts" y en la opción "Navigation" buscar "Switch windows of an application", hacer click con el ratón en la opción mientras tecleas las opción que deseas asociar a la acción.

En mi caso como deseo poder moverme entre ventanas de la misma aplicación con las teclas Alt + Tab, primero borro la asociación de esas teclas a la acción "Switch applications" haciendo click en la opción y después la tecla Backspace, eso hará que se borre la asociación de las teclas Alt + Tab a la acción de cambiar entre ventanas de distintas aplicaciones; como deseo conservar esa función del teclado le asocio las teclas Alt + A a la acción de cambiar entre ventanas de diferentes aplicaciones. Ahora en la opción "Switch windows of an application" hacemos click con el ratón y después presionamos las teclas Alt + Tab para dejarlas asociadas al intercambio entre ventanas de la misma aplicación.

Monday, February 4, 2013

Instalar XpdfViewer usando Wine en Wheezy

Para poder instalar correctamente en mi sistema Xpdf Viewer usando wine, instale primero la librería libwine-cms usando Synaptic. Después de bajarme el instalador de Xpdf Viewer de la página oficial http://www.tracker-software.com/product/pdf-xchange-viewer, en una terminal me fui al explorador de archivos de wine

$winefile

y desde ahí fui al archivo en donde estaba el .exe de instalación e instale con doble click.

Sin las librerías libwine-cms no funciono el Xpdf Viewer. Acá la liga de la información original: http://forum.eeeuser.com/index.php?/topic/14005-install-pdf-xchange-viewer-with-wine/

Saturday, February 2, 2013

Skype 4.1 en Wheezy Dell XPZ 14z

Para la instalación de Skype 4.1 seguí las instrucciones del wiki para Debian. La instalación de Skype se llevo a cabo sin ningún problema. La configuración del micrófono fue automática durante la instalación de Wheezy con kernel 3.2, así que ya no tuve que editar ningún archivo en /etc/modprobe.d/ como en el post anterior, cuando tenía el kernel 2.6

Dirección de la wiki para instalar Skype 4.1:

http://wiki.debian.org/skype

Bumblebee en Wheezy Dell XPS 14z

He vuelto a instalar Debian Wheezy en mi Dell XPS 14z  con kernel 3.2.0-4 amd64. Para poder instalar Bumblebee desde los repositorios en /etc/apt/source.list  agregue las siguientes direcciones:

#vi /etc/apt/source.list

deb http://suwako.nomanga.net/debian sid main contrib
deb-src http://suwako.nomanga.net/debian sid main
 
Después obtuve las llaves
 
  #wget -O - http://suwako.nomanga.net/suwako.asc | apt-key add -

En esta liga están los datos: http://suwako.nomanga.net/
Después actualice

#apt-get update

Posteriormente seguí las instrucciones del wiki para Debian para instalar bumblebee

http://wiki.debian.org/Bumblebee

Al finalizar los pasos descritos en el wiki, se instala bumblebee desde los repositorios

#apt-get install bumblebee bumblebee-nvidia

o bien

#aptitude install bumblebee bumblebee-nvidia


 Para verificar el funcionamiento de bumblebee

$optirun --status

 Bumblebee status: Ready (3.0.1). X inactive. Discrete video card is off

o bien

$lspci -d10de: -vvv

 01:00.0 VGA compatible controller: NVIDIA Corporation GF108 [GeForce GT 540M] (rev ff) (prog-if ff)  !!! Unknown header type 7f

Si obtienen una línea como esta " Unknown header type 7f" bbswitch está trabajando y la tarjeta Nvidia
está desactivada



Sunday, January 27, 2013

Instalar la librería ShortRead de Bioconductor

Para poder instalar la librería ShortRead de Bioconductor, se debe de tener previamente instalado las librerías libcurl4-openssl-dev y libxml2-dev en el sistema, por lo que como administradores las instalamos:

#apt-get install libxml2-dev
#apt-get install libcurl4-openssl-dev

Posteriormente en R instalamos la librería ShortRead

>source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
>biocLite("ShortRead")
>library(ShortRead)