Skype 4.1 en Wheezy Dell XPZ 14z

Para la instalación de Skype 4.1 seguí las instrucciones del wiki para Debian. La instalación de Skype se llevo a cabo sin ningún problema. La configuración del micrófono fue automática durante la instalación de Wheezy con kernel 3.2, así que ya no tuve que editar ningún archivo en /etc/modprobe.d/ como en el post anterior, cuando tenía el kernel 2.6

Dirección de la wiki para instalar Skype 4.1:

http://wiki.debian.org/skype

Bumblebee en Wheezy Dell XPS 14z

He vuelto a instalar Debian Wheezy en mi Dell XPS 14z  con kernel 3.2.0-4 amd64. Para poder instalar Bumblebee desde los repositorios en /etc/apt/source.list  agregue las siguientes direcciones:

#vi /etc/apt/source.list

deb http://suwako.nomanga.net/debian sid main contrib
deb-src http://suwako.nomanga.net/debian sid main

Después obtuve las llaves

  #wget -O - http://suwako.nomanga.net/suwako.asc | apt-key add -

En esta liga están los datos: http://suwako.nomanga.net/
Después actualice

#apt-get update

Posteriormente seguí las instrucciones del wiki para Debian para instalar bumblebee

http://wiki.debian.org/Bumblebee

Al finalizar los pasos descritos en el wiki, se instala bumblebee desde los repositorios

#apt-get install bumblebee bumblebee-nvidia

o bien

#aptitude install bumblebee bumblebee-nvidia


 Para verificar el funcionamiento de bumblebee

$optirun --status

 Bumblebee status: Ready (3.0.1). X inactive. Discrete video card is off

o bien

$lspci -d10de: -vvv

 01:00.0 VGA compatible controller: NVIDIA Corporation GF108 [GeForce GT 540M] (rev ff) (prog-if ff)  !!! Unknown header type 7f

Si obtienen una línea como esta " Unknown header type 7f" bbswitch está trabajando y la tarjeta Nvidia
está desactivada

Instalar la librería ShortRead de Bioconductor

Para poder instalar la librería ShortRead de Bioconductor, se debe de tener previamente instalado las librerías libcurl4-openssl-dev y libxml2-dev en el sistema, por lo que como administradores las instalamos:

#apt-get install libxml2-dev
#apt-get install libcurl4-openssl-dev

Posteriormente en R instalamos la librería ShortRead

>source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
>biocLite("ShortRead")
>library(ShortRead)

Wget: descargar y salvar archivos

wget es una herramienta que nos permite la descarga de contenidos desde servidores web. Para ello se utiliza el comando wget desde terminal y la dirección en dónde esta el contenido.

$wget http://www.direccion.servidor/lista/archivo.descargar

y con esto bajaremos el contenido.

La opción para poder salvar la descarga con un nombre específico es 

$wget -O miarchivo.txt http://www.direccion.servidor/lista/archivo.descargar

en donde la opción -O nos permite asignar un nombre a la descarga indicando la ruta y nombre deseado.

Gráficas de pastel en R

Primero creamos el vector con nuestros porcentajes

> porcentajes = c(39,61)

la suma es 100.

Después le asignamos un nombre a los valores de nuestro vector

> names(porcentajes) = c("Different domains, 39%", "Domains, 61%");

Luego se gráfica

> pie(porcentajes, col = c("gray50", "white"), main = " Domains");

Insertar gráfica dentro de otra gráfica en R

Para poder insertar una gráfica de menor tamaño dentro de otra mayor, en R utilizamos la función par().
En un ejemplo gráficaremos una distribución de datos con una curva de ajuste, y después insertaremos una gráfica de los mismos datos pero representados en log vs log.


>plot(x$datosx,y$datosy, bty='l', col = "azure4", xlab='Size', ylab='Number of Y', pch =19, xlim = c(0,10000), ylim = c(0,2800),xaxs = 'i', yaxs = 'i');

>points(otrox$,datosx, otroy$datosy, col = "darkred");


>axis(1, las=1, at=500*0:20);

>lines(1.8183459166*x^0.74506574);

En esta línea el rotulo estará en la esquina inferior derecha.

>legend("bottomright" , c('DatosX', 'DatosY', 'Power-law model.  y = 1.8183*x^0.7450', 'R*R: 0.857'), col = c('azure4','darkred','black','white'), pch=c(19, 1,3,0), lty = c(0,0,1,0), lwd=2, bty='n');

En esta linea generamos el especio para la siguiente gráfica que estará en la esquina superior izquierda

>par(fig=c(0.08,0.45,0.48,1), new=TRUE);

>plot(log(x$datosx),log(y$datosy), col = "azure4", main = 'Log vs Log ', xlab='', ylab='',cex.lab = 0.8, cex.main = 1, log = "xy", pch =19);

Después de la función par() podemos graficar  nuestros datos a nuestro gusto, y se verá reflejado en la nueva figura de menor tañano.

La vida de los bioinformáticos